阴道菌群结构多样，个体体内通常含20-140种细菌，具有显著的个体和时间差异。正常健康女性阴道内的微生态菌群（vaginal microbiota, VMB）包括革兰阳性需氧菌、革兰阴性需氧菌、厌氧菌、支原体及假丝酵母菌等，它们与宿主、环境之间构成了彼此制约、相互协调的动态平衡。

正常阴道菌群能预防阴道感染和炎症反应。正常微生态菌群总量可达109/mL，其中乳杆菌（Lactobacillus）约占70%～95%，通过定植抗力、生物拮抗、分解阴道上皮细胞糖原产生乳酸来维持阴道酸性环境，分泌H2O2、细菌素、类细菌素和生物表面活性剂及刺激机体的免疫防御作用来抑制其他菌和致病菌的生长，维持阴道“自净”作用。阴道菌群改变通过调节机体免疫状态或促进病原菌增殖，参与众多疾病的发病机制。若菌群失调，细菌性阴道病和念珠菌性外阴阴道炎的发病风险显著增加，且菌群结构转移、乳酸杆菌数量减少导致细菌性阴道病（bacterial vaginosis，BV）、需氧菌性阴道炎（aerobic vaginosis，AV）、阴道假丝酵母菌病、早产、流产、不孕等一系列临床疾病的发生。近期研究发现，阴道菌群结构改变与宫颈癌、子宫内膜癌等恶性肿瘤的发生也相关。

在过去的一个多世纪里,直接培养法一直被用来鉴定生态环境巾的微生物种群多样性。由于环境中存在着很多不能培养和无法鉴别的细菌,复杂菌群的分析受传统培养技术和生化鉴定的限制,无法展示真实的菌群结构。虽然卫生条件提高，但每年因阴道炎而就诊的妇女仍数不胜数，镜检及培养阳性率较低，使得许多患者不能够得到及时的准确的治疗，同时因为抗生素的滥用，导致耐药菌增加，使得阴道的治疗之后复发的现象很多。

随着PCR技术和测序技术的发展,我们可以更全面系统的研究复杂的微生态。

新一代测序技术的成熟和普及,使我们能够对环境微生物进行深度测序,获得大量序列。测序技术一定程度上确保了高精确度和单碱基逐个测序,可有效减少同聚物和重复序列的测序错误。该技术无需构建文库,无克隆误差,能检测到丰度低于万分之一的痕量菌。通过meta-genomics测序或16S RNA扩增子测序可完整全面了解阴道微生态,并可发掘未知的细菌,深入了解阴道微生态与阴道疾病的关系。

12k Flex Real-Time PCR逐渐的应用于临床感染病原菌的检测，在妇科感染病原菌的检测中也有良好的应用前景。QuantStudio 12K Flex多功能高通量实时定量芯片系统提供了Applied Biosystem荧光定量PCR系统所具备的可靠性能、灵敏度和准确性非常高，并采用全新的工业设计，使用OpenArray 芯片技术，可以达到极高的样品和检测通量。QuantStudio 12K Flex除可以进行高通量荧光定量PCR，兼具数字PCR功能。可以通过每次高达12000个数据点的数字PCR方式对核酸进行极其精细的据对定量，可以对痕量核酸样品进行高精度检测，直接计算得出核酸分子的拷贝数目，主要应用于对极低丰度核酸样品的检测及针对复杂检材进行高灵敏度检测。